Kepulauan Raja Ampat yang terletak di bagian barat-laut Propinsi Papua memiliki luas areal daratan dan laut sekitar 9,8 juta acre. Melihat posisinya di kawasan segitiga terumbu karang, yang tepat pada pusat keragaman terumbu karang dunia, maka laut di Kepulauan Raja Ampat diindikasikan sebagai kawasan yang paling kaya keragaman hayatinya di dunia.
Kumpulan terumbu karang yang luas dan kaya ini membuktikkan bahwa terumbu karang di kepulauan ini mampu bertahan terhadap ancaman-ancaman seperti pemutihan karang dan penyakit, dua jenis ancaman yang kini sangat membahayakan kelangsungan hidup terumbu karang di seluruh dunia. Kuatnya arus samudra di Raja Ampat memegang peran penting dalam menyebarkan larva karang dan ikan melewati samudra Hindia dan Pasifik ke ekosistem karang lainnya. Kemampuan tersebut didukung oleh keragaman dan tingkat ketahanannya menjadikan kawasan ini prioritas utama untuk dilindungi.